De situatie in de gezondheidszorg in West-Papoea is ronduit slecht: voorzieningen, voor zover aanwezig, zijn geconcentreerd in steden en nauwelijks beschikbaar in het binnenland. De kindersterfte, onder meer veroorzaakt door tropische ziekten en slecht drinkwater, kan in het binnenland oplopen tot 30 à 40%.
De medische projecten van de SDSP richten zich op een verbetering van de basisvoorwaarden voor gezondheidszorg. Voorbeelden zijn het opzetten van moeder- en kindzorg klinieken, het bieden van basis medische zorg en het geven van voorlichting over algemene gezondheid en hygiëne.
Voor de SDSP vormen schoon (drink)water en de aanwezigheid van sanitaire voorzieningen belangrijke voorwaarden om gezondheidszorg te kunnen verbeteren. Om die reden – en omdat de SDSP een integrale werkwijze hanteert – zijn de Gezondheidszorgprojecten en overige projecten, waaronder die gericht op Water & Sanitatie, vaak met elkaar verweven.